En el año 2016 se crea el Instituto de Estudios en Derechos Humanos (IEDH), siendo el primero en su tipo dentro de la administración pública estatal en ofertar estudios de posgrados (fuera de las instituciones educativas).

Se iniciaron las gestiones y los trámites correspondientes ante la entonces Secretaría de Educación y Cultura del Estado (ahora Secretaría de Educación del Estado de Quintana Roo) para el registro del Instituto y de los estudios de posgrado, asignado la Clave de Centro de Trabajo (CCT) y de los programas educativos de la maestría.

La creación del Instituto de Formación Especializada e Derechos Humanos, en adelante IFEDH, vino a fortalecer los procesos educativos vinculados con la investigación, promoción y divulgación de los derechos humanos en la entidad, congregando las funciones y atribuciones del entonces Centro de Estudios e Investigación en Derechos Humanos y la Dirección de Enlace Promoción y Difusión en Derechos Humanos, en la reforma al Reglamento del año 2016.

Estas dos unidades marcaron un cambio sustancial en el quehacer de la Comisión Estatal en materia de educación, dando paso a la formación del Instituto de Estudios en Derechos Humanos (IEDH) en el año 2017, y su reforma a Instituto de Formación Especializada en Derechos Humanos en el año 2018.

Para el cumplimiento de su objeto, el IFEDH tiene la encomienda de organizar e impartir, entre otros, seminarios, conferencias, cursos de capacitación, talleres, simposios, pláticas, foros de debate, eventos culturales y demás actividades que tengan como objetivo ampliar los conocimientos en la materia y ofrecer información sobre los avances en el conocimiento de los derechos humanos.

La impartición de estudios de Posgrado sostuvo un acercamiento con la autoridad educativa estatal, y mediante la firma de un convenio de colaboración entre la Comisión y la Secretaría de Educación de Quintana Roo, se otorgó el reconocimiento de la validez oficial de los estudios de posgrados que impartiría el entonces Instituto de Estudios en Derechos Humanos, obteniendo así las claves de centro trabajo 23MSU0064K y 23ESU0010Y, en el año 2016.

En seguimiento al Convenio del año 2016, se hizo el registro de la Maestría en Derechos Humanos, con el objetivo de formar profesionistas y profesionales en Derechos Humanos, a través de un plan de estudios con 16 asignaturas distribuidas en cuatro cuatrimestres. En el año 2017 se inauguró la primera generación (2017-2018) y en 2018, la segunda generación (2018-2019), ambas se llevaron a cabo en la Ciudad de Chetumal.

Sin embargo, a finales del año 2018 y con las intenciones de ofrecer la Maestría en la Ciudad de Cancún, la Comisión firmó un adendum al convenio de colaboración con la SEQ, en el cual se actualizó el nombre del Instituto. Esto permitió regular los procesos normativos que quedaron abiertos para las primeras dos generaciones, en específico en cuanto al egreso y la expedición de la documentación oficial, así como las modalidades para la obtención del grado académico y el proceso de reincorporación para la conclusión de los mismos.

En el año 2019, en atención a las necesidades de la realidad social, se registró el Plan de Estudios 2019 de la Maestría en Derechos Humanos, el mapa curricular se amplió y se actualizó a 20 asignaturas distribuidas en cinco cuatrimestres, reafirmando así, el compromiso por contribuir a la profesionalización en la materia y abonando sustantivamente a la cultura de derechos humanos en el Estado. También se reformaron las modalidades de titulación, quedando únicamente como opción la presentación y defensa de un trabajo de investigación y/o tesis, así como un primer ajuste de las atribuciones y facultades de las unidades administrativas que integran el Instituto.

En ese mismo año se inauguró en Cancún la tercera generación (2019-2021); en 2021 la cuarta generación (2021-2023), y en 2023; la quinta generación (2023-2025), estas dos últimas, en Chetumal.

En lo referente a la Especialidad en El Interés Superior de la Niñez y Adolescencia, esta se construye en el año 2021, en seguimiento a la firma de convenio de colaboración y el adendum con la SEQ de 2016 y 2018, respectivamente, otorgándole validez oficial mediante la clave asignada por la DGP de la SEP 294702.

En el mes de noviembre de 2021, se realizo la presentación de la convocatoria para la primera generación de la especialidad, en modalidad a distancia (en línea) y con una duración de tres cuatrimestres. Se inscribieron un total de 14 personas (diez mujeres y cuatro hombres); de estas nueve concluyeron con el plan de estudios (7 mujeres y 2 hombres), y; una persona se ha titulado (mujer) mediante la defensa de un proyecto terminal.

El 30 de abril de 2025 se realizó la publicación de la convocatoria de la segunda generación (2025-2026).